000 acres de costa de mangue e corais vivos, o parque abriga o trecho mais ao norte do Florida Reef — uma crista de calcário construída ao longo de milênios por corais pétreos e agora lar de peixes-papagaio, peixes-anjo, tartarugas marinhas e tubarões-lixa. O sistema de recifes corre paralelo à costa do Atlântico, de Miami até Dry Tortugas, mas a Biscayne Bay oferece o ponto de acesso mais calmo e a maior concentração de naufrágios históricos.
O snorkel em Miami concentra-se em dois ambientes distintos. Os bancos de grama rasa entre o continente e as ilhas de barreira sustentam peixes-boi e peixes juvenis. Além das ilhas, o recife offshore desce a trinta pés e forma um labirinto de corais-chifre-de-alce, corais-cérebro e leques-do-mar. A temperatura da água mantém-se entre 75 e 85 graus Fahrenheit durante todo o ano, e a visibilidade varia de quinze a cinquenta pés, dependendo do vento e da maré. A Trilha do Patrimônio Marítimo do parque conecta seis locais de naufrágios datados de 1878 a 1975, cada um marcado com placas subaquáticas. O Mandalay, uma escuna de casco de aço que encalhou em 1966, fica a dez pés de profundidade e atrai barracudas e tarpons.
A maioria das excursões de snorkel em Miami, Flórida, parte do Dante Fascell Visitor Center em Homestead, vinte e cinco milhas ao sul do centro de Miami. Barcos operados por concessionários partem diariamente para viagens de três horas aos recifes. Praticantes de remo autoguiados partem de Convoy Point ou Elliott Key, embora a travessia de seis milhas até a linha do recife exija mares calmos. O parque não cobra taxa de entrada. Os guardas florestais recomendam as manhãs para águas calmas e as tardes para atividade de peixes, embora a velocidade do vento seja mais importante do que a hora do dia. A pesca com arpão e a coleta de corais são proibidas. Peixes-leão — uma espécie invasora vista pela primeira vez em Biscayne em 2009 — agora lotam muitos locais de mergulho, e o parque incentiva os mergulhadores com licença a removê-los.
O snorkel em Biscayne Bay apoia atividades comerciais e de pesquisa. Cientistas da Universidade de Miami monitoram eventos de branqueamento de corais a partir de parcelas de estudo permanentes. Operadores de turismo baseados em Miami Beach e South Beach oferecem snorkel em Miami Beach, Flórida, mas essas viagens muitas vezes visitam recifes artificiais perto de Government Cut em vez do parque nacional. As águas protegidas dentro de Biscayne Bay permanecem as mais ecologicamente intactas e consistentemente acessíveis.
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