Établi en 1980 pour protéger 173 000 acres de côte de mangrove et de corail vivant, le parc abrite la partie la plus au nord du récif de Floride — une crête calcaire construite au fil des millénaires par des coraux pierreux et qui abrite désormais des poissons-perroquets, des poissons-anges, des tortues de mer et des requins nourrices. Le système récifal s'étend parallèlement à la côte atlantique de Miami aux Dry Tortugas, mais Biscayne Bay offre l'accès le plus calme et la concentration la plus dense d'épaves historiques.
Le snorkeling à Miami se concentre sur deux environnements distincts. Les bancs d'herbiers peu profonds entre le continent et les îles barrières soutiennent les lamantins et les poissons juvéniles. Au-delà des îles, le récif au large descend jusqu'à trente pieds et forme un labyrinthe de corail corne d'élan, de corail cerveau et de gorgones. La température de l'eau se maintient entre 75 et 85 degrés Fahrenheit toute l'année, et la visibilité varie de quinze à cinquante pieds selon le vent et la marée. Le sentier du patrimoine maritime du parc relie six sites d'épaves datant de 1878 à 1975, chacun marqué par des plaques sous-marines. Le Mandalay, une goélette à coque en acier qui s'est échouée en 1966, repose dans dix pieds d'eau et attire les barracudas et les tarpons.
La plupart des excursions de snorkeling à Miami, en Floride, partent du Dante Fascell Visitor Center à Homestead, à vingt-cinq miles au sud du centre-ville de Miami. Les bateaux exploités par des concessionnaires partent quotidiennement pour des sorties de trois heures sur le récif. Les pagayeurs autonomes partent de Convoy Point ou d'Elliott Key, bien que la traversée de six miles jusqu'à la ligne de récif nécessite une mer calme. Le parc ne facture aucun frais d'entrée. Les gardes forestiers recommandent le matin pour une eau calme et l'après-midi pour l'activité des poissons, bien que la vitesse du vent compte plus que l'heure. La chasse sous-marine et la collecte de corail sont interdites. Le poisson-lion — une espèce envahissante repérée pour la première fois à Biscayne en 2009 — encombre désormais de nombreux sites de plongée, et le parc encourage les plongeurs munis d'un permis à les éliminer.
Le snorkeling à Biscayne Bay soutient l'activité commerciale et de recherche. Les scientifiques de l'Université de Miami surveillent les épisodes de blanchissement des coraux depuis des parcelles d'étude permanentes. Les voyagistes basés à Miami Beach et South Beach proposent du snorkeling à Miami Beach, en Floride, mais ces excursions visitent souvent des récifs artificiels au large de Government Cut plutôt que le parc national. Les eaux protégées à l'intérieur de Biscayne Bay restent les plus intactes sur le plan écologique et les plus accessibles de manière constante.
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