Establecido en 1980 para proteger 173,000 acres de costa de manglares y coral vivo, el parque protege el tramo más al norte del Arrecife de Florida, una cresta de piedra caliza construida durante milenios por corales pétreos y que ahora alberga peces loro, peces ángel, tortugas marinas y tiburones nodriza. El sistema de arrecifes corre paralelo a la costa atlántica desde Miami hasta Dry Tortugas, pero Biscayne Bay ofrece el punto de acceso más tranquilo y la mayor concentración de naufragios históricos.
El esnórquel en Miami se centra en dos entornos distintos. Los bancos de hierba poco profundos entre el continente y las islas barrera albergan manatíes y peces juveniles. Más allá de las islas, el arrecife exterior desciende a treinta pies y forma un laberinto de coral cuerno de alce, coral cerebro y abanicos de mar. La temperatura del agua se mantiene entre 75 y 85 grados Fahrenheit durante todo el año, y la visibilidad varía de quince a cincuenta pies según el viento y la marea. El sendero del patrimonio marítimo del parque conecta seis sitios de naufragios que datan de 1878 a 1975, cada uno marcado con placas submarinas. El Mandalay, una goleta de casco de acero que encalló en 1966, se encuentra a diez pies de agua y atrae a barracudas y sábalos.
La mayoría de los tours de esnórquel en Miami, Florida, salen del Centro de Visitantes Dante Fascell en Homestead, a veinticinco millas al sur del centro de Miami. Los botes operados por concesionarios salen diariamente para viajes de tres horas a los arrecifes. Los remadores independientes salen desde Convoy Point o Elliott Key, aunque el cruce de seis millas hasta la línea del arrecife requiere mares tranquilos. El parque no cobra tarifa de entrada. Los guardaparques recomiendan las mañanas para aguas tranquilas y las tardes para la actividad de los peces, aunque la velocidad del viento importa más que la hora del reloj. La pesca con arpón y la recolección de coral están prohibidas. El pez león, una especie invasora detectada por primera vez en Biscayne en 2009, ahora llena muchos sitios de buceo, y el parque alienta a los buceadores con permisos a eliminarlos.
El esnórquel en Biscayne Bay apoya la actividad comercial y de investigación. Los científicos de la Universidad de Miami monitorean los eventos de blanqueamiento de coral desde parcelas de estudio permanentes. Los operadores turísticos con sede en Miami Beach y South Beach ofrecen esnórquel en Miami Beach, Florida, pero esos viajes a menudo visitan arrecifes artificiales frente a Government Cut en lugar del parque nacional. Las aguas protegidas dentro de Biscayne Bay siguen siendo las más intactas ecológicamente y las más accesibles de manera consistente.
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